Смотря какая цель. Если нужно
отфильтровать пульсации в цепях питания, то первый вариант (параллельно питанию).
А если нужно отфильтровать
постоянную составляющую или нижние частоты (например в фильтрах НЧ-усилителей и акустических систем), тогда в разрыв.
Конденсатор пропускает переменный ток. Чем выше частота, тем лучше пропускает. На этом и основаны две разные схемы включения для разных целей.