1.Какой гипервизор используете?
2.Обычно не нужно останавливать виртуалку для бэкапа, достаточно сделать снэпшот и бэкапить снэпшот. Именно так работает большая часть софта для бэкапа виртуалок.
3.Во многих случаях нельзя просто так взять и забэкапить снэпшот виртуалки, т.к. содержимое снэпшота может быть не консистентно (и если придется восстанавливать снэпшот вы рискуете потерять данные). Например если в виртуалке крутится база данных, то ее надо бэкапить средствами базы данных, а не гипервизора. Та же АД - это по сути база данных. По факту бэкапить снэпшотами можно только для какой-то файло помойки или для сервера приложений, где есть только установленные приложения, которые не часто меняются.