Большинство серверов используют линукс, и когда ты выбираешь в качестве девелоперской среды линукс ты уже приближаешь поведения приложения как на боевом сервере, на линуксе тебе немного проще оценить производительность и поведение приложения.
Главные отличия вести разработку на Виндовс
1) "Джентельменские наборы" обычно по-умолчанию предостоваляют максимальный набор пакетов и программ для разработки (боевой сервер иметь в разы меньше для улучшения производительности и/или экономии ресурсов), на линуксе все пакеты ставятся в ручную поэтому когда зачастую возникают вопросы почему локально приложение работает а на сервре нет, Вы почти сразу понимаете чего может не хватать и решить проблему.
2) Файловая система, принципиальные различия между fat(ntfs) и ext приводили к серьезным проблемам (которые не были очевидны, поэтому поиск и устранение занимали определенное время), тк одни и теже функции по работе с файловой системой работают по разному (сейчас это меньше, но все равно присутствует).
3) Нативность, все эти вещи разрабатываются под линукс поэтому есть возможность установить идентичные версии пхп, питона..., отладка кронов и многое другое