Если на уровне БД, то используя
триггеры можно отслеживать все изменения. Единственный минус - узнать, какой плагин отправил запрос не представляется возможным.
Также, можно воспользоваться
плагином для аудита. Тут минус в том, что писать данные он будет только об известных плагину компонентьах системы. Если какой-то из плагинов создает свои таблицы в БД, то может что-то и не отследить.