Рискну предположить, что проблема связана с тем, что коммит не создаётся ещё локально.
Поэтому ничего не пушится в удалённый github.
Причина того, что коммит не создаётся локально возможно связана с сообщением
fatal: LF would be replaced by CRLF in index.php
, из-за чего в индекс не добавляются изменения.
Попробуйте решить последнюю проблему хотя бы ручной правкой символов переносов строк в
index.php
, и тогда первая исчезнет сама собой.