1. Консольные команды
2. умение как минимум разбирать что написано в скриптах (файлах), писать свое (bach, sh, Python, ...)
3. как правильно сказать то ... - стек протоколов -
Сетевая модель
4. Сервисные службы - HTTP, FTP, POP3, IMAP, MySQL....
UPD
iptables - забыл ))) другие напомнили )))