Ну если, к примеру, взять консольную утилиту ffmpeg, которая занимается конвертированием аудио- и видеозаписей, то ее можно будет вызывать с помощью специальных функций в серверных ЯП. Например, в php я смогу вызвать ffmpeg и получить ответ в переменную $answer таким образом:
$answer = shell_exec("./ffmeg -param1 -param2");
Можно теперь получать от пользователя на сайте видеозапись (или аудиозапись), параметры (кодек, формат, битрейт и т.д.) и конвертировать полученный файл.
По своей сути web-сервер — это удаленный компьютер, почти такой же, как и Ваш.
Насчет программ, которые завязаны на графическом интерфейсе — я не знаю, что предложить.
