Вы похоже не очень хорошо разбираетесь в сетях
В результате неверно интерпретируете выводы Wireshark и идете ложным путем
поясните три момента
1.
приложения не видят устройства других сетей, хотя ping и TCP/ip соединения идут
что вы имеете ввиду под глаголом "видят"?
2.
Как сделать, чтоб при получении пакета о составе сети роутер сообщил о сетях за VPN?
Ваши приложения используют протоколы динамической маршрутизации?
3.
Как сделать чтоб роутер перенапрявлял L2 броадкаст по L2 туннелю к сетям?
Здесь конечно полная каша, но может имеется ввиду прокси-арп?