Вам нужно вызвать метод map(), и передать в него анонимную функцию, которая принимает сущность и возвращает ее id. По итогу вы получите коллекцию id этих сущностей
https://www.doctrine-project.org/api/collections/l...
Если очень большой объём, то чтобы туда-сюда массивы не генерировать — используйте \Generator, и уже по факту итерации берите id сущности и работайте с ним