Для проверки чистой скорости сети передача файлов с винта на винт не подходит, вы можете упираться в пропускную способность жёсткого диска.
Используйте специальные утилиты, например,
iperf.
Если iperf тоже покажет 100 Мбит/с, то надо смотреть в каком режиме работают сетевые карты, не включен ли на них режим принудительного ограничения скорости, проверять разводку кабеля на соответствие стандарту.