Есть ли возможность выгрузить массив этих данных, сохраняя связи, используя методы АПИ Битрикс?
Есть ли API для получения списка лидов, сделок и т.п.? Да, есть
Есть ли выгружающее API? Нет.
Либо проще сразу писать sql запрос, получать массив и уже работать с ним ?
Длинный получиться запрос, ведь только чтобы выгрузить задачу без комментариев, но в треками времени, историей, пользователями потребуется минимум 5 таблиц использовать, а в CRM это еще больше.