Не делая коммит переходите в нужную ветку, изменения никуда не денутся, закоммитите их в нужной ветке.
Update
Это касается случая, когда две ветки находятся на одном коммите. Если они ушли друг от друга, то можно сделать стеш изменений, перейти на нужную ветку и применить стэш, а затем сделать коммит.
Update2
Посмотрите видео
https://learn.javascript.ru/screencast/git#branche... там всё подробно рассказано о данной ситуации. Советую посмотреть все видео из данного скринкаста.