Файлов в http протоколе нет.
Есть примерно такой http запрос
GET /phpmyadmin/ HTTP/1.1
Host: localhost
И есть такая программа - веб сервер, которая слушает 80 порт, видит указанный выше запрос и по своим заданным правилам решает что с этим запросом делать.
Как расположены на сервере файлы, и какой именно файл использовать для обработки запроса это внутреннее дело веб сервера.