в принципе можно, но десктоп рассчитан на несколько другую работу и в качестве управляющего контроллера будет не удобен. слишком мощный проц, при очень маленьких возможностях управления.
придется подкупить платы расширения с GPIO и прочими необходимыми портами...
есть промышленные компутеры, которые ориентированы на управление тех.процессами имеют и GPIO и гуй со скадой к примеру.
для начало посоветую купить малинку и подобные и поставить на нее линуху - получишь и гребенку GPIO с кучей вариантов применения и полноценный компутер за небольшие деньги.