1. Для начала настройте файрвол, закройте все порты, которые не используете
2. Для доступа к vps настройте ssh желательно с приватным ключом
3. Настройте безопасность в php, nginx, apache,..
4. Далее настройте файрвол полностью (заблокируйте хождение и количество пакетов, которое не используются на сервере)
5. Настройте бекап сайтов для сохранения на другом сервере
6. Настройте мониторинг, чтобы отслеживать потребление ресурсов, попытки доступа на сервер и другие перебои в работе сервисов.
Теперь защита готова процентов так на 50% )