"учет прав доступа" и "автоматизировать ... и упрощения процесса предоставления" это несколько разные вещи.
Если прям зоопарк (разные файлохранилища, смесь доменных и недоменных учёток и т.д.), то начать было бы неплохо хотя бы с учёта: Таблица
строки - наименование категории сотрудников (департамент, должность или ФИО, если права назначаются индивидуально);
столбцы - название папки/каталога/ресурса;
на пересечениях, соответственно, отметка об уровне доступа;
Скорее всего, у каждого каталога есть владелец (ответственный за информацию), который определяет кому предоставить доступ и какого уровня. Некоторыми инструментами можно предоставить возможность владельцу вносить информацию в соответствующий столбец для своего каталога.