Если у вас один бакэнд на сервере для обоих доменов, вы можете сами начать управлять куками (т.е. не запускать сессию а рулить заголовками Set-Cookie: сами, тогда сервер, в зависимости от того, какое доменное имя обрабатывается, будет выдавать те куки, которые вам надо.