В последних версиях андроида (если не ошибаюсь начиная с 9.+) присутствие менеджер хранилища, не уверен включён ли он по умолчанию, но суть его работы заключается в очистке/удалении файлов, фото, видео и etc после создания резервных копий, для очистки места. Возможно дело в этом, проверьте.