Еще можно скриптом менять приоритет конкретных процессов - система сама их будет тормозить.
wmic process where name="notepad.exe" call setpriority 64
Еще можно просто завершать процесс "неожиданно".
Защитить можно цепочкой заданий в планировщике - и никаких посторонних приложений, если не знаешь - поможет только переустановка винды.