ОСНОВНОЕ отличие -- именно в этом. Что trunk порт может гонять тегированный трафик нескольких вланов, а аксесс порт будет принимать/отправлять нетегированный трафик, принадлежащий только одному влану (трафик как принадлежащий влану будет маркироваться только внутри коммутатора).
Неосновное отличие -- trunk-порты могут поддерживать протоколы автоматического согласования режимов/VLAN'ов. Это протоколы DTP или VTP.
Коммутаторы можно связывать акцесс-портами в том случае, если вы стыкуете две инфраструктуры с пересекающимися вланами. Такой кейс возникает у интернет-провайдеров, например. Когда нужно подключить коммутатор клиента, и у вас на этого клиента выделен влан, скажем, 666. Но у клиента этот влан уже используется. Вы не можете ломать свой VLAN план, и клиент не может. Тогда вы настраиваете порт в сторону коммутатора клиента на 666 влан акцессом, а клиент на своей стороне настраивает акцесом порт в том влане, который у него выделен как стыковочный. Ну, к примеру, 777. И получается мир-дружба-жвачка, и все работают согласно своим VLAN-планам без всяких проблем. Но технически получается, что два коммутатора подключены акцесс-портами.
