Добрый день,
Есть варианты:
1. Если на обоих серверах установлены роли DNS сервера, то на каждом из них можно создать запись о домене второго сервера. Т.е. например, есть домен test1.ru (на server1) и test2.ru (на server2). Вы на server1 для домена test2.ru создаете MX запись ссылающуюся на локальный IP server2. И наоборот. В итоге письма между серверами по этим доменам будут доставлятся локально
2. Настроить на каждом из Exchange серверов отдельный Send connector в Hub transport для этих доменов. Т.е. новом Send connector'e на server1 на вкладке Address space вы указываете домен test2.ru, а на вкладке Network в пункте Route mail through прописываете IP server2. И наоборот.
Смотрите что Вам проще :)
Успехов!