Весь трафик впн-сервера проходит через цепочку FORWARD, там занимайтесь фильтрацией. В этом контексте он становится маршрутизатором, а на эту тему достаточно материала в поиске. Предполагая, что tun0 - интерфейс для впн-клиентов, а eth0 - в интернет, то можно начать со следующих правил.
iptables -P FORWARD DROP
iptables -A FORWARD -i tun0 -o eth0 -m state --state RELATED,ESTABLISHED -m comment --comment "РАЗРЕШЕНО Установленные соединения" -j ACCEPT
iptables -A FORWARD -i tun0 -o eth0 -s 192.168.0.100 -p udp -m udp --dport 53 -m comment --comment "РАЗРЕШЕНО DNS/udp для 192.168.0.100" -j ACCEPT
iptables -A FORWARD -i tun0 -o eth0 -s 192.168.0.100 -m conntrack --ctstate NEW -m comment --comment "РАЗРЕШЕНО Интернет для 192.168.0.100" -j ACCEPT
Возможно правило про ДНС лишнее, не помню как OpenVPN работает с днс-запросами. Попробуйте для начала вовсе без него.