Ну к примеру, мы прямо сейчас такую пишем.
Сейчас уже подключены к 3-м банкам по из API. И число этих банков будет только увеличиваться.
Ничего на сайтах этих банков про это API не написано, не опубликовано в общедоступном месте.
Нужно идти туда ножками к руководству банка (не к простым клеркам в операционном зале) и договариваться индивидуально.
Если ты имеешь ввиду - напрямую принимать оплату с карт Visa/MasterCard, минуя посредников (банки), то, боюсь, тебя не устроит цена, - с суммой меньше десятка миллионов там делать вообще нечего. Да и десятки не хватит, это так только для затравки.
Если ты имеешь ввиду, чтобы пользователя не перебрасывало на сайт платежной системы, а платить он мог прямо внутри твоего сайта, то договариваешься с теми же платежными системами, что оказывают услугу эквайринга как и обычно.
Но сертифицируешь свой сайт по PCI DSS, тогда можно прямо на сайте принимать платежи. При этом фактически твой сайт все равно не сам обрабатывает данные карт, а передает информацию все тем же платежным системам, что и до этого без PCI DSS делал (когда происходил переброс для ввода данных карты на сайт платежной системы).