Никак не могу понять, какие файлы открывает NetBeans при запуске. У меня создано несколько проектов, из которых программа выбирает файлы непонятным мне образом. Даже когда я закрываю проект, и ставлю главным совсем другой, NetBeans упорно продолжает при старте открывать файлы из каких-то уже давно закрытых и забытых проектов.
Попробуйте использовать CubeOn. Это не ответит на Ваш вопрос, но зато вам не придется об этом думать впредь.
CubeOn — интерфейс, сфокусированный на задачах. С ним точно открываются те файлы, которые были открыты в прошлый раз при работе над конкретным таском. Плюс — можно временно переключаться между заданиями не теряя контекст.
У меня такое было только при падениях системы, когда приходилось делать reset компу (проблемы Gnome с двумя мониторами).
Т.е. видимо NB записывает свое состояние при выходе. Поглядите в stderr, может, некорректно завершается?