автоматически пользователя перенаправляет
Если у вас перенаправляет с example.com
/en на example.com/ru, то это плохо. Потому что пользователь на example.com/en явно хочет читать именно английскую версию, раз находится по этому адресу. Перенаправление с главной страницы ещё куда ни шло, а дальше выбор сделан (вами или пользователем) и не красиво его менять.
Собственно, на любом языке сайта должен быть переключатель языков. То есть у пользователя всегда должен быть выбор сменить язык, пусть даже это еле заметная кнопка в футере сайта мелким шрифтом. Так что если вы не сказали ботам, куда нужно ходить, то боты сами догадаются туда заглянуть по ссылке (опять же, если вы им это не запретили явно).
P.S. И не забудьте про пользователей без JS. То есть в корне на example.com должен быть какой-то язык и хоть какой-то контент. Например, статичное меню выбора языка, но это уже дело вкуса, можно и просто контент из /en отображать, типа язык по умолчанию.