Рекомендую использовать связку Python+openCV.
Так как примеров изображения нет, то помочь с выделением объекта не смогу.
Алгоритм следующий:
1. Выделить ваш объект. (сделать изображени бинарным: 0 - фон, 1 - объект). Например, если ваш объект светлее фона то можно выделить по порогу cv2.threshold(img,127,255,cv2.THRESH_BINARY)
2а. Если вашь алгоритм выделения объекта выделил только объект, то просто подсчитайте сумму пикселей.
2б. Если есть ложные обнаружения, то на первом этаме можно пройти медианным фильтром (cv2.medianBlur(img,5)) или морфологическим открытием. Данные операции помогут избавиться от мелких ложных оьнаружений.
3. Найти контуры cv2.findContours(...).
4. Отфильтровать контуры, если есть ложные обнаружения.
5. Для контура, который сообветствует вашему объекту найти площадь. cv2.contourArea