Создаёте проект WinForms, удаляете главную форму (Form1.cs), открываете program.cs, удаляете всё из метода Main и пишете туда свой код, как минимум бесконечный цикл:
public static void Main()
{
while(true)
{
Thread.Sleep(100);
}
}
Такое приложение будет висеть в диспетчере задач, но у него не будет окон.
Для его создания просто нужно выполнить Process.Start("путь к exe");