Измененные и запущенные файлы - это уже следствие, когда хакер получил доступ. Это уже никому не интересно.
А причину надо искать в другом. Обычно вирус на вашем компе (и кража пароля от ftp), перехват пароля (например, если ftp, а не sftp с публичными/приватными ключами), подбор пароля, SQL-инъекция, отсутствие валидации вводимых данных и загружаемых файлов, неправильная настройка веб-сервера и пр.