Здравствуйте!
Итак, вы создали кастомный тип записи portfolio и создали таксономию (как называется ваша таксономия)?
1) См. пункт №2 или же просто вручную создайте меню (Внешний вид - Меню) и добавьте туда пункты меню из левого блока. В случае если у вас не отображается нужная вам таксономия, то в верхней панели настроек включите отображение нужной таксономии.
https://screenshots.firefox.com/CqHXzpDzB0G0rfjx/m...
2) Если вы хотите вывести все рубрики разом, то абсолютно все равно какой шаблон использовать. Используйте ф-ции:
https://wp-kama.ru/function/get_terms
https://wp-kama.ru/function/wp_list_categories
3) Чтобы вывести каждую рубрику отдельно испльзуйте шаблон
taxonomy-{tax_name}.php
P.S. {tax_name} подставьте название вашей таксономии