Во-первых, "выводить через умный фильтр товары" нельзя. Товары выводятся списочными компонентами (по отдельности или в составе комплексных). Фильтр только лишь изменяет список товаров перед выводом.
Во-вторых, решение вашей задачи зависит от модели каталога. А именно: размер является характеристикой товара или торгового предложения?
Посмотрите здесь:
https://dev.1c-bitrix.ru/user_help/components/cont...
Вас должен интересовать параметр HIDE_NOT_AVAILABLE. Зачастую, при правильной настройке, этого достаточно.