У Вас есть свойство ARCHIVE типа Список. Вы создали два варианта значений для этого свойства, например:
- 123--active--Активное
- 456--archive--Архивное
Здесь:
123 -- идентификатор варианта значения
active -- XML-код значения
Активное -- описание значения.

Допустим, нужно отфильтровать только активные записи. Это можно сделать двумя способами.
1.

$GLOBALS['arrFilter'] = array("PROPERTY_ARCHIVE" => 123);

2.

$GLOBALS['arrFilter'] = array("PROPERTY_ARCHIVE_VALUE" => 'Активное');

Источник: https://dev.1c-bitrix.ru/api_help/iblock/classes/c...

Делал такую штуку недавно: выводил по чекбоксам объекты на карту в зависимости от типа объекта (заправка, школа, магазин и т.п.).
Нашел у себя вот такой код:
myPlacemark.options.set("visible", false)
Так что все правильно Вы делаете. Даже не обязательно в коллекции собирать.
Поищите ошибку в коде вызова метода. Возможно, не обрабатывается событие изменения checkbox.

Если обертку создать нет возможности, решайте задачу "в лоб".
Сам шаблон окошка вынесите в BODY, чтобы окошко позиционировалось относительно страницы. Далее скриптами по определенному событию вычисляйте глобальные координаты активного INPUT и прописывайте соответствующие координаты своему окошку. Это не так сложно.

Насколько я знаю -- нет.
Само понятие "класс" по определению относится именно к HTML-тегам.