Я правильно понимаю, что любое начинание (будь то hello world на 2 строчки или более крупный веб-проект), по-хорошему, должно быть обязательно изолировано с помощью контейнеров или VM с фиксированием версий.
Нет. Изоляция появилась как плоды опыта работы одновременно на нескольки проектах, или держания сервера на котором несколько проектов. Она решает определенные задачи.
Hello world решает другие задачи. Как минимум, обучение.
Если вы будете изолировать свой хэллоу ворлд контейнером это будет выстрелом из пушки по воробьям: контейнеризация может породить ещё больше проблем при обучении незнакомой технологии, потому что вы не будете понимать, является ли возникшая проблема особенностью технологии или появилась из-за контейнеризации.
Если бы было возможно выделить универсальный best practice, программирование давно стало бы такой же профессией как и медицина: строго регламентируема, заучиваема назубок, всё ещё с элементом аналитики.