Первый шаг - выявление направленности проекта:
- коммерческий
- информационный
- энциклопедический
- социальная сеть и прочее
Далее, после того как определились с типом ресурса, выявляем важнейшие для его оптимизации факторы ранжирования. Так, например, для коммерческих проектов во главе угла стоят
коммерческие факторы ранжирования, а вот для информационного проекта необходимо учитывать полноту раскрытия информации, стиль подачи и многое другое, подробнее можно почитать в
этой статье на Хабре.
Далее есть список факторов которые необходимо учитывать всем ресурсам, это технические, семантические и поведенческие факторы.
Для начала необходимо подготовить фундамент - провести подробный анализ техническихфакторов помогут такие программы как Netpeak Spider или Screaming Frog (программ конечно многое множество, но эти используют чаще всего). Но, к сожалению, тулсами можно проверить не все и необходимо будет изучить матчасть и проверять многие технические аспекты руками.
Затем переходим к семантике, это очень сложный вопрос который лучше будет описать в другом ответе, но, в двух словах, необходимо убедиться что у всех страниц сайта заполнены важные элементы семантики (title, h1 и прочее) и они соответствуют контенту страницы.
После, к UX сайта, четко продумывая взаимодействие пользователя и максимальное для него удобство. Тут же сразу учтем и часть коммерческих факторов, и оформление контента и прочее что напрямую связано с поведением пользователя.
В финале мы получим идеально внутренне оптимизированный ресурс и можно будет приступать к внешней оптимизации.
Старайтесь делать все максимально полезным для пользователя. Органичность содержимого сайта, реальная польза входящей ссылки для пользователя на стороннем ресурсе и прочее белое SEO это то к чему надо стремиться!
Яндекс подсказывает как развивать сайт белыми методами и чтобы он был полезен пользователю. Все материалы можно найти:
В Блоге ВебмастеровНа канале Академии ЯндексаВ Хелпе Яндекс Вебмастера 
Простой
