Как вариант - связка Hugo\Hyde\Любой другой генератор статичных сайтов + приложение с использованием WebKit. Делаете тему, исходники перегоняете в .md. Приложение будет состоять из списка журналов, полученных в виде странички с Вашего сайта, со страницей - заглушкой на случай его недоступности. При нажатии на ссылку для скачивания журнала активируется js скрипт, который передает клиентскому приложению ссылку на нужный для скачивания журнал, в клиенте сохраняете его во внутреннюю память телефона и разархивируете.
В приложении имеете простую табличку со списком скачанных журналов, на её основе в списке помечаете скачанные журналы скачанными, новые - новыми и т.п.
Рецепт не на скорую руку, но всё же. Другой вариант - используете генератор приложений вроде APPS-TECH или NWICODE.
Третий рецепт - просто пишете нативное приложение с использованием библиотек для просмотра PDF\другого нужного Вам формата.
UPD. PDF можно перегнать в Markdown, к примеру, с помощью этого сервиса:
http://pdf2md.morethan.io/ 
