Тут вопрос в том где у вас загрузчик винды.
Диск то я надеюсь не один?
Поставьте груб на тот диск на котором нет винды. И сделайте его загрузочным.
Груб найдет винду и будет все хорошо. Можно будет грузить и линукс и виндоус.
Вот если диск всего один. И на нем на разных разделах стоят линуксы и винды то операция будет посложнее. И можно поломать винду:) Чтобы действовать наверняка я бы посоветовал взять флешку (на гиг два будет достаточно) и поставить груб (и вообще весь раздел boot linux-овый) туда. И сделать флешку загрузочной.
У меня сделано так. И делаю периодически бекапчик флешки.
А если флешку взять побольше, то на такую флешку можно еще например записать liveCD вашего линукс дистрибутива. И какойнидь WinPE для аварийного запуска в виндах.
