Да я тоже с этим сталкивался.
Не могу сейчас точно вспомнить, что получилось, но можно попробовать:
Requires=graphical.target
тогда его будет вырубать когда вырубают graphical.target.
Или еще к чему более разумному прицепиться.
Скажем к network.target.
Без сети то zabbix точно не нужен.

Тут вопрос в том где у вас загрузчик винды.
Диск то я надеюсь не один?
Поставьте груб на тот диск на котором нет винды. И сделайте его загрузочным.

Груб найдет винду и будет все хорошо. Можно будет грузить и линукс и виндоус.

Вот если диск всего один. И на нем на разных разделах стоят линуксы и винды то операция будет посложнее. И можно поломать винду:) Чтобы действовать наверняка я бы посоветовал взять флешку (на гиг два будет достаточно) и поставить груб (и вообще весь раздел boot linux-овый) туда. И сделать флешку загрузочной.
У меня сделано так. И делаю периодически бекапчик флешки.
А если флешку взять побольше, то на такую флешку можно еще например записать liveCD вашего линукс дистрибутива. И какойнидь WinPE для аварийного запуска в виндах.