Скорее всего, такое количество ссылок появились из-за наличия на сайте дубликатов и отсутствия канонических URL. Говоря языком по проще: один и тот же товар доступен по трем-четырём ссылкам. Например:
mysite.com/product/tovar-1
mysite.com/tovar-1
mysite.com/?tovar=1
С этим нужно бороться, в первую очередь с помощью rel=canonical. Также, часть ссылок можно ограничить с помощью rel=nofollow. Чтобы Google не переходил по ним, но они были активными.