Файл который нигде не используется не равно не нужный. Например favicon может просто в корне лежать, без упоминаний. Да тот же index.html
В различных IDE есть похожие функции, как правило они ищут использование определенного файла. Пакетно вряд ли. Это убьет любой среднестатистический проект.
