Вообще-то, это большой вопрос, почему лицензия не нужна. Лицензия нужна на любую деятельность в сфере криптографии, в том числе на криптографическую защиту информации.
Шифруя что-либо, в том числе сторонними средствами, вы подпадаете под соответствующий вид деятельности.
ПРАВИТЕЛЬСТВО РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
ПОСТАНОВЛЕНИЕ
от 16 апреля 2012 г. N 313
base.consultant.ru/cons/cgi/online.cgi?req=doc;bas...
3. Настоящее Положение не распространяется на деятельность с использованием:
в) товаров, содержащих шифровальные (криптографические) средства, имеющих либо функцию аутентификации, включающей в себя все аспекты контроля доступа, где нет шифрования файлов или текстов, за исключением шифрования, которое непосредственно связано с защитой паролей, персональных идентификационных номеров или подобных данных для защиты от несанкционированного доступа, либо имеющих электронную подпись;
г) шифровальных (криптографических) средств, являющихся компонентами программных операционных систем, криптографические возможности которых не могут быть изменены пользователями, которые разработаны для установки пользователем самостоятельно без дальнейшей существенной поддержки поставщиком и техническая документация (описание алгоритмов криптографических преобразований, протоколы взаимодействия, описание интерфейсов и т.д.) на которые является доступной;
Как видно, пункт в) написан, как всегда в стиле "через забор ногу задерищенко". Таким образом, если речь идёт только об электронной подписи, то можно прочитать "Настоящее Положение не распространяется на деятельность с использованием товаров, имеющих электронную подпись"
Аналогично, пункт г) довольно странно звучит. Т.е., по хорошему, видимо, не нужна, но что будет, если реально захотят привлечь и суд будет толковать эти пункты по своему. Ой....
Если закрыть глаза на странную формулировку этих пунктов, тогда можно сказать, что, действительно, лицензия не нужна.