Нашел решение.
Итак нужно сделать следующее:
На Mikrotik:
1. Создаем VLAN на физическом интерфейсе, куда будет подключена точка доступа (у меня это Ether2).
2. Создать подсеть в разделе IP -> Addresses. Интерфейс выбрать созданный ранее VLAN.
3. Создать пул ардесов для DHCP сервера в разделе IP -> Pool
4. Создать DHCP сервер в разделе IP -> DHCP Server. В Interface выбрать созданный VLAN в п.1. В Address Pool выбрать пул адресов созданных в п.3
5. Прописать сеть в IP -> DHCP Server -> Networks
-----------------------
На Unifi контроллере:
6. В настройках создать новую локальную сеть в разделе Settings -> Networks -> Local Networks.
7. В настройках новой сети в поле тип сети (Network Purpose) выбрать VLAN Only и указать номер VLAN, который присвоили в п.1
8. Создаем новую беспроводную сеть в разделе Settings -> Wi Fi -> Wi Fi Networks -> Create New WiFi Network -> Create Advanced Wi Fi. Включить переключатель Use VLAN и задать номер VLAN, который создали в п.1.
9. Проверять все ли работает.