Смотря какие будут тематики? Если сайт о туризме, то тематики о Турции, Испании и т.д., нужно разносить по категориям на одном сайте. Но если один сайт о стройматериалах, а другой о юридических услугах, то это разные сайты.
Любую оптимизацию сайта нужно начинать с анализа ТОПа, это главное SEO правило.