Разобрался в чем проблема, теперь осталось решить ее безболезненно, у header-nav - в инспекторе нашел line-height 1,5 который добавлен от normalize css, при попытке убрать его в инспекторе - ползет весь макет, при попытке убрать только его - в css, не помогает даже important. 2 предыдущих способа не помогли(
Вертикальное выравние дива лого не помогает, так как он и так занимает 98% блока, и задавая флекс родителю, и прописывая align ничего не происходит.
Единственный выход убирать line-height из normalize и равнять заново?