Если ты пишешь Debian, то тебе просто надо скачать обрас с UEFI(я ведь так понимаю ты про него говоришь, просто не верно выразился))), а после чего записать флешку им в режиме dd. И не переживать что в винде почему то на флешке теперь совсем мало места, так и должно быть, просто винда не видит линуксовый раздел.
Ну или фиг с ним с dd. Какая есть программа под Debian, чтобы можно было выбрать «MBR или GPT»?
Какая тебе разница как писать флешку, да срать вообще как она записана, тебе важнее как будет записан твой накопитель после установки ОС с флешки.