если сам ESXi незашиврован?
А что такое "сам ESXi зашифрован?" Что конкретно вы в нём собрались шифровать?
Может ли злоумышленник, получив физический доступ к esxi-серверу, получить доступ к зашифрованной виртуальной системе?
Смотря в каком состоянии этот сервер будет находиться в момент получения физического доступа. Если в выключенном -- то шансов практически нет что-то с дисков вытащить (предполагется, что ключи шифрования у вас разные на всех машинах, достаточно сложные и не написаны на бумажке, приклеенной к этому серверу). Если во включенном -- кое-какие данные можно вытащить. Сделав, например, снапшот вместе с содержимым оперативки ВМ, и порывшись в этой самой оперативке -- что-то из кэшей и прочих подобных мест в RAM да наловят.