Base64 можно использовать только для передачи, когда файлы "обернуты" в JSON или XML.
В остальных случаях лучше их хранить/передавать как есть.
Base64 - Это формат передачи бинарных файлов в виде текста, поэтому данные очень сильно "распухают".
Но это иногда нужно, когда принимающая сторона ждет на входе текст, а не бинарные данные.