Вообщем потестил самостоятельно, время с момента нажатия на кнопку до появления рабочего стола:
MBR 25 секунд, GPT 15 секунд. Итог: разница имеется, но не значительная, для меня mbr выигрывает за счет совместимости со старыми девайсами(иногда надо поставить в ноут, который не знает что такое uefi).