1. переименовываете или удаляете папку
.git
2. создаете репозиторий на
github
3. дальше по стандарту:
git init
git commit -a
git remote add origin git@github.com:user/reponame.git
git push -u origin master
Потом либо возвращаете старую папку
.git, либо используете новый репозиторий.