Vожно еще не полениться и написать простенькую программку, которая как логи будет записывать фаилы и разницу в них но от опыта конечно таких вещей может уйти от пары часов до дня ))
А так как Олег уже написал, есть всякие редакторы с функциями сранения. (правда я не знаю существуют ли таковые для множества фаилов).
Также можешь использовать тулсы версионирования, назови только фаилы и проект одним именем, запиши 1 из них в репозитори и сравнивай, в svn это к примеру команда svn diff