На тостере уже есть похожая тема:
MySQL кеширует запросы даже при выключенном кешировании?
возможно Вы столкнулись с кешированием ОС.
В любом случае, использование mysql (в частности innodb движка) подразумевает соблюдение транзакционной целостности, записи данных, а также дополнительно сброса бин лога на диск, чтобы обеспечить надежное хранение записанных данных. Этот вариант немного не подходит по определению для работы с оперативными данными (потеря которых, в случае внезапного отключения, не столь критична)
Взгляните в сторону memcached или redis. Возможно Вам придется пересмотреть Ваш код.