Для правильного вопроса надо знать половину ответа
Вам нужно реализовать свой фильтр. Общий принцип - письмо из очереди postfix через pipe или порт передаётся в фильтр, тот обрабатывает письмо и передаёт результат обратно в очередь через sendmail или отдельный smtpd.
Alister O, А как ваш скрипт письмо получит? Для этого и надо встраиваться в цепочку обработки postfix'а. Сам фильтр может быть написан на чём угодно, по ссылке есть простейший пример на shell.